Gitプロジェクトには、Gitディレクトリ、作業ディレクトリとステージング・エリアの3つがあります。
作業エリアでの作業後、必要なファイルをステージング・エリアに移します。
そのとき利用するのが “git add” コマンドです。
以下、非常に簡単な例。
$ git add .
$
作業ディレクトリにある新規および更新されたファイルがステージング・エリアに配置されます。
参考：
https://git-scm.com/book/ja/v2/
https://help.github.com/